Wie jeder körperliche Eingriff ist auch die In Vitro Fertilisation mit Risiken verbunden. Das Ziel der Hormontherapie ist ein Heranreifen mehrerer Eizellen. Trotz sorgfältiger Ultraschall- und Serumhormonkontrolle kann es zu einer Überstimulation kommen. Das sogenannte Überstimulationssyndrom ist mit einer deutlichen Vergrößerung der Eierstöcke, Unterbauchschmerzen sowie relativ hohen Östrogenspiegeln verbunden, die zu einer vermehrten Gefäßdurchlässigkeit und damit zu einem erhöhten Thromboserisiko führen. Diese Symptome sind jedoch gut zu behandeln und bilden sich wieder vollständig zurück.
Um die Erfolgschance des IVF-Verfahrens zu erhöhen, werden meist zwei, maximal drei Embryonen übertragen. Damit ist die Mehrlingsrate gegenüber der normalen Mehrlingsrate erhöht: Von 100 Geburten nach IVF/ICSI sind ca.30 % Zwillingsgeburten und ca. 2 % Drillingsgeburten ( Deutsches IVF - Register 2008). Dem steht eine natürliche Häufigkeit von 1,2% Zwillingsgeburten und 0,013 % Drillingsgeburten gegenüber.